No início da Conferência se elegerá uma Mesa Diretiva. Com este propósito, a Secretaria convoca os chefes e chefas de delegação a uma reunião que será realizada antes do início das sessões regulares de trabalho. Geralmente, a Mesa Diretiva é integrada por uma Presidência ?que costuma ser ocupada pelo país anfitrião?, várias Vice-Presidências e uma Relatoria. As pessoas nomeadas em representação de seus governos se mantêm em seus cargos até que seus sucessores sejam eleitos.

Os Estados membros elegem a Mesa Diretiva de cada Conferência segundo critérios de rotação e de representação sub-regional. Com o fim de manter em funcionamento um mecanismo de ação permanente no âmbito do Plano de Ação Regional, dispõe-se que a Mesa Diretiva da Conferência Regional continue em sessão entre uma conferência e outra, e atue como enlace entre os governos e a Secretaria Executiva da CEPAL. Em virtude desta disposição, a Mesa Diretiva tem se reunido duas vezes por ano na última década e desde 1978 celebrou 43 reuniões.