Se denominan áreas temáticas a los problemas de desarrollo económico y social establecidos como prioritarios por la comunidad internacional. Sirven para estructurar el programa de trabajo aprobado en un Período de Sesiones de la CEPAL. En el bienio 2010-2011 se ha planeado desarrollar las siguientes áreas temáticas: Análisis del impacto de la crisis financiera, Crecimiento económico, Mercados laborales, género y equidad; Comercio internacional e integración; Capital humano, la situación de las mujeres en el campo, la inseguridad alimentaria; Competitividad industrial y progreso técnico, Competencia en el sector farmacéutico y bancario, política industrial, Integración energética e Impacto económico del Cambio Climático.  Se hará un especial énfasis en Haití tras el terremoto de enero de 2010.

A partir de estos problemas centrales, se identifican líneas de investigación y actividades concretas orientadas a promover el desarrollo económico y social de los países de la subregión. Con ese propósito, el trabajo cotidiano de la Sede Subregional se organiza en torno a distintas secciones y unidades sustantivas que emprenden las mencionadas tareas de investigación y de asistencia técnica a los gobiernos que la soliciten. En la actualidad, las unidades y secciones de la oficina son: Desarrollo Agrícola y Rural, Desarrollo Económico, Comercio Internacional y Desarrollo Industrial, Desarrollo Social, Energía y Recursos Naturales.

Los temas estudiados abarcan aspectos globales y sectoriales del desarrollo económico y social, así como las relaciones externas de los países de la subregión, sobre todo las referidas a los procesos de integración. Además de las actividades propias de las secciones y unidades ya existentes, la CEPAL registra una larga trayectoria de asesoría a los gobiernos en materia de evaluación de fenómenos naturales.