En este trabajo se analiza comparativamente el desarrollo del mercado del biodiésel en la Argentina y el Brasil, atendiendo a los aspectos institucionales de la formulación de la política y sus repercusiones. El estudio se efectuó mediante un análisis del proceso de formulación de las políticas, junto con una discusión sobre su impacto al examinar la información estadística. Entre los resultados se destacan las divergencias en los objetivos de la política en ambos países. En el caso argentino ha sido relevante el problema del abastecimiento de gasóleo, mientras que en el Brasil resaltan los objetivos de promoción de la agricultura familiar. Asimismo, en el caso brasileño se observan la importancia de la empresa Petróleo Brasileiro (PETROBRAS) y algunas deficiencias en el alcance de los objetivos; mientras que en el caso argentino se aprecia que el mercado externo continúa siendo el motor de la industria.